影片的时间线设定在《普罗米修斯》故事结束的10年之后。载有移民的飞船“契约号”深空航行时遭遇变故，偶然降落到了工程师的星球上，并找到了“普罗米修斯”号的幸存者生化人大卫，同时等待他们的还有可怕的异形怪物。这个看似天堂的星球实际上是一个万劫不复的地狱。

太空船契约号上一片寂静。船员和船上的两千名拓荒者都处在冷冻睡眠之中，只留生化人沃尔特一个人穿梭于舱廊之间。这艘船预计要前往遥远的Origae六号行星，远在银河系的彼端，这批殖民者希望能建立起一个新的人类前哨基地。当契约号的能量收集帆被附近的恒星燃焰破坏，造成几十人的伤亡之后，这份宁静被无情地打破，也让任务偏离了原本的轨道。
很快幸存的船员发现这似乎是一处未知的乐土，一个未被打扰的伊甸园，充满了被云雾覆盖的高山，巨大高耸的树木，而且远比Origae六号更近，有十足的潜力能做为新的家园。然而，他们所发现的地方，实际上是一个黑暗而致命的世界，充满了意想不到的曲折。面对远超出他们想像的可怕威胁时，处境艰困的探险者必须踏上一场痛苦的逃脱之途。

太空船契约号船员接收到神秘的外星信号，竟是人类的声音。生化人跟船员们一起踏上追寻讯号的未知之旅之后，发现一处乐土，有十足的潜力能做为新的家园。然而好景不长，危机以惊人的速度升级，在医疗舱中，地狱梦魇迅速爆发，船员在明亮的日光灯下，目睹了新种异形的诞生。
情况很快开始失去控制，契约号也遭遇前所未有的威胁。这片景色令人摒息的壮丽美景下，是一个黑暗而致命的世界，面对远超出他们想像的可怕威胁时，船员们必需要进行一场充满风险的救援任务，踏上痛苦的逃脱之途。

《异形：契约》与第一部《异形》（1979）直接相关。飞船契约号驶向银河系远端的一个遥远星球，船员原以为那颗星球是未被探索的天堂，结果却发现它实际上是一个黑暗、危险的世界——其唯一的居民是注定悲剧的普罗米修斯号探险之旅的幸存者：生化人大卫（迈克尔·法斯宾德 饰）。